在对英国医疗记录进行的一项广泛的“数据挖掘”分析中，约翰∙霍普金斯金梅尔癌症中心的研究人员总结道，即使只使用一个疗程的抗生素，也可能会在十年后增加（尽管程度很低）患结肠癌的风险，但不会增加患直肠癌的风险。发表在Gut杂志上的这一研究结果强调使用这类药物需审慎，因这类药物经常被不当或过量使用。

约翰∙霍普金斯金梅尔癌症中心的Bloomberg~Kimmel癌症免疫疗法教授，研究负责人Cynthia L. Sears, M.D.说：“这项研究的主要信息是抗生素管理的重要性：不要用抗生素治疗常见的病毒感染，使用时间尽量短，使用有针对性的抗生素，而不是广谱抗生素。这项研究增加了我们关于这些药物可产生明显的脱靶效应，包括诱发慢性疾病的了解。”

医疗记录研究的目的不是证明因果关系，而是确定风险因素和疾病之间可能存在的相关性。但由于数据库在很长一段时间内保存了太多的具体信息，研究作者得出的结论是，结肠癌风险增加的最可能的原因是抗生素使微生物组（生活在肠道中的菌群）产生了彻底改变。

Bloomberg~Kimmel癌症免疫疗法研究所研究员Sears和Jiajia Zhang, M.D., M.P.H.解释道，抗生素在世界各地被广泛用于治疗细菌感染，越来越多的证据，包括数项流行病学数据库研究，表明使用这些药物与患结直肠癌的风险有关。然而，这些过去的研究有各种各样的缺点，包括未控制其他结肠直肠癌风险因素（家族史、肥胖、吸烟、饮酒和糖尿病史），患者回忆抗生素的使用情况时存在回忆偏倚，未分离结肠癌和直肠癌的数据，研究参与者太少而无法得出有意义的结论。

为了进一步了解抗生素与结直肠癌之间的关系，Sears、Zhang及其同事从世界上最大的“匿名”临床记录电子病例数据库之一的临床实践研究数据链(CPRD)中检索了数据。CPRD拥有英国1100多万名患者的信息，包括药物处方和诊断的数据，因此这项研究成为第一项用于研究抗生素暴露与结直肠癌风险之间的相关性的基于人群的研究。

在23年的时间里，研究人员发现了28890例结直肠癌。他们将这些患者的每一项记录与多达五名从未患过此疾病，但具有相似的特征（包括年龄、性别和他们的全科医生的执业地点）的健康“对照者”进行比对，共有137,077名“对照者”参与了对比。

然后，他们使用医疗记录来识别和评估各病例的病史，确定结直肠癌风险因素。

结直肠癌患者有一个或多个已知风险因素的可能性更高。然而，当他们在统计评估中考虑这些因素时，结果发现结肠癌患者发生抗生素暴露的可能性稍高（71.3%比69.1%）。直肠癌患者没有表现出这种相关性，但与健康受试者相比，其抗生素暴露量相同。

进一步的研究显示，抗生素暴露只与近端结肠的癌症风险有关，而与远端结肠的癌症风险无关，这种风险尤其会发生在抗厌氧菌抗生素类，如青霉素类暴露之后。

抗生素暴露越多，患者发生结肠癌的可能性就越大，但仅15-30天的抗生素暴露就可使患者发生近端结肠癌的风险增加。直肠癌的情况正好相反，抗生素暴露越多，特别是60天或更长时间的抗生素暴露，患者发生直肠癌的可能性就越小。结肠癌的发生与至少10年前的抗生素暴露有关。

虽然抗生素通常在根除细菌感染方面非常有效，但也可杀死有益细菌，致使致病菌大量繁殖，从而改变肠道菌群平衡。其中一些致病菌可能致癌，促使息肉生长并发展成恶性肿瘤。

近年来流行使用富含益生菌的食物和补剂，部分原因是为了解决肠道菌群失衡问题。但是关于益生菌的数据结果各式各样，一些研究显示使用这些补剂有正面作用，而另一些研究则显示无效果或有负面作用。与其试图添加有益细菌纠正肠道菌群，更好的方法是谨慎开具抗生素处方，避免因使用抗生素而增加结肠癌风险。